反恐特战队第39-40集剧情介绍(大结局)
杨灿策反张教授 杨爱萍突发疾病
柳诗文在医院与常建安碰了头，了解那敏的情况之后，返回家中。
杨灿在家中用鲜花摆出心形图案，欢迎柳诗文回家，柳诗文与杨灿坐到床上打情骂俏，用手机编辑内容给杨灿，两人的房间已被监听，只能用文字交流。
杨灿从柳诗文手中接过手机，看完了内容，弄清了那敏果然还活着，之前一直潜伏在林指山的公司中。
张教授研制出了一种病毒，只要把病毒输入到电力调配中心的电脑中，就能彻底粉碎电力调配网站的系统，从而给林指山一方提供入侵网络的机会。
林指山派出杨灿执行输入病毒的计划，火狐依然对杨灿怀有戒心，派出几个手下跟随杨灿一起行动。
特战队的人早已事先埋伏在电力调配中心内外，杨灿与几个恐怖份子进入调配中心，找到电脑主机输入病毒，一伙特战队忽然冲了进来，与杨灿一方发生枪战，杨灿佯装向一个特战队员开枪，他知道特战队员穿了防弹背心，子弹根本伤害不到特战队员。
火狐通过监控器目睹几个手下被包围，赶紧提醒几个手下撤退，几个手下穷途末路，已经无路可逃，死在了特战队的手中。
林指山一脸惋惜伸手搭住火狐的肩膀，连声叹气，提醒火狐如果不派手下人监视杨灿，几个手下就不会丢掉性命。
杨灿从电力调配中心逃出来，与那敏汇合，张教授误把那敏当成自己的女儿，掏出手枪对准杨灿，打算带着女儿一起逃走。
杨灿提醒张教授认错了人，张教授的女儿平安无事，与特战队的人在一起，杨灿驾车带着张教授找到了张玲玲，父女两人终于重逢，张教授同意戴罪立功，协助特战队抓捕林指山。
深夜，杨灿从梦中苏醒过来，发现柳诗文在抽泣，柳诗文非常同情那敏的遭遇，那敏忍辱负重在林指山的公司当清洁工，柳诗文自叹不如。
抓捕林指山的行动即将开始，陆长风向特战队战士们公布林指山一干人等的身份，赵晓波在内的战士们蒙在鼓中，不敢相信林指山是敌特份子。
张教授回到林指山身边，称电力调配中心的系统已经升级，之前植入的病毒成了摆设，已经起不到作用，林指山信以为真，决定先会见上级绿玛瑙会长。
杨爱萍成功研发项目，乐极生悲复发疾病，被送到医院治疗。
厉剑锋身亡 林指山落网
杨爱萍怀疑林指山居心不良，在打电力调配中心的主意，柳诗文见杨爱萍已经开始怀疑林指山，也就不再隐瞒自己知道的所有秘密，如实向杨爱萍透露林指山的底细。
杨爱萍早就察觉到林指山回国图谋不归，听完柳诗文讲述的真相，将电力调配中心的相关密码告诉给柳诗文。
柳诗文擅长弹奏钢琴，将密码设置成乐谱。林指山上门探访杨爱萍，惺惺作态劝说柳诗文回房午休，柳诗文回房之后，林指山进入杨爱萍的房间，打开电脑企图进入电力调配中心的后台网站。
杨爱萍忽然出现在门口，指责林指山背叛祖国，帮助外国恐怖份子破份祖国的电力建设。林指山见自己的底细已经败露，索性露出真面目，劝说杨爱萍说出网站的密码。因杨爱萍不从，林指山失去理智，掐死了杨爱萍。
蓝雨打晕了企图逃走的柳诗文，将柳诗文放在沙发上，林指山心知怀了孩子的柳诗文对杨灿非常重要，决定利用柳诗文威胁杨灿。
绿玛瑙会长莅临中国，察觉到杨灿与张教授是卧底，张教授被火狐开枪击中，杨灿见势不妙掏出手枪还击，射中了绿玛瑙会长，让他意料不到的是，绿玛瑙会长由一个外国人所扮，外国人戴着人皮面具，提醒杨灿上当受骗，杨灿回过神来，挥起匕首捅死了外国人。
林指山未能从柳诗文嘴中获取电力调配中心的密码，穷凶极恶开枪打伤柳诗文的腿部，柳诗文忍住腿上剧痛，佯装屈服弹奏破解网站的声音密码，林指山发现屏幕上显示的画面不对劲，赶紧喝令柳诗文停止弹琴。
柳诗文被林指山劫持到楼顶上，厉剑锋与那敏赶了上来，除了两人以外，还有杨灿。厉剑锋在与林指山枪战的过程中中弹倒在地上，不幸遇害，杨灿本想杀掉林指山，因审讯林指山的流程由政府完成，他饶了林指山一命。
法网恢恢，疏而不漏，林指山被特战队逮捕，火狐与蓝雨在与特战队的突袭中身亡，绿玛瑙会长亦被特战队逮捕。
十个月后，柳诗文产下一女，杨灿抱着女儿坐在病床边，在心中呼喊柳诗文的名字，渴望柳诗文苏醒过来。
那敏到墓地祭拜厉剑锋，随后与杨灿搭乘直升机离开部队执行任务，活在和平年代，依然有许多不法份子为非作歹，每一个特战队员绝不允许罪恶在人间肆意妄为。
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