那些年我们正年轻第39集剧情介绍
张利军挪用公款被调查 研究院和工厂分家
厂里，为了笼络人心，大梁为大家分福利，并借机煽风点火的挑拨，张利军和工人的关系，希望他们到北京找上级领导反映此事，岂料，他的这一举动反被宋处长看到，他忙将此事告诉了张利军。医院，叶萱和医生为胃癌患者会诊，担心高主任的身体，叶萱决定写辞职报告。
路上，见工人被挑唆的要去上访，张利军向大家说出实情，听到大梁利用工厂的低成本谋取暴利，众人这才恍然大悟，为了让大家赚取利润，张利军将发展前景说出，闻言，工人高兴离开。办公室，叶萱谎称自己得了胃癌，并以此需要治病为由辞职，希望大家能在王副院长的，领导下好好工作。
这边，得知叶萱因病要辞职，张利军很是疑惑，猜测她定是有事隐瞒自己，张利军让孙俪帮忙，询问高主任的检查结果。研究室，高主任和马朝阳努力工作，见陆若文给自己端来牛奶，高主任无奈喝下，正在此时却听到叶萱前来的消息，高主任忙出来接妻子。
研究室，叶萱劝高主任喝药，却意外接到张利军打来的电话，听到他找叶萱，高主任只好让她接电话。发射场外，知晓真相的张利军，让叶萱带高主任到北京看病，反被告知他只想呆在发射场。这边，高主任将得胃癌的情况说出，不愿带着遗憾离开，高主任直言他只是，想死的其所，如果有生之年他能看到火箭上天，那样的生命更有意义，希望大家能尊重他的意愿。家里，知晓高主任的身体状况，司令员决定让他到北京看病。
研究室，在司令员的安排下，高主任被迫来到北京看病。医院，看着高主任被推进了手术室，叶萱焦急在门外等候，与此同时，火箭也按预定轨道成功发射。病房，看着电视上的火箭成功上天，高主任让叶萱一遍遍的重放，却见马朝阳前来，看到他神色慌张，猜测他有事隐瞒自己，高主任决定给徐书记打电话询问情况。
这边，高主任询问徐书记厂里的情况，为了不让他着急，徐书记只好将张利军因搞三产，而挪用经费的事情说出，听到他现在正接受组织调查，高主任生气挂了电话。这边，孙俪将事情的严重性告诉了马朝阳，得知张利军有可能会进监狱，马朝阳很是难过。办公室，徐书记和于厂长计议此事，担心张利军因此受罚，于厂长表示愿意替他接受处分。晚上，见马朝阳一脸颓废，孙俪劝他想别的办法。
医院，担心张利军前途未卜，高主任心急如焚的为他找关系，见他毫不顾及自己的身体，叶萱很是着急。家里，见张利军终于回来，陆若文忙上前拥抱，得知是父亲将他救出，陆若文将厂里的情况说出，听到马朝阳到了北京，不愿高主任担心自己，张利军赶忙前来。
医院，张利军和陆若文以及马朝阳来看高主任，知晓自己愧对老师，张利军让他痛骂以示发泄，并将事情的经过详细说出，听到他因违反财务而犯错，高主任斥责他不该擅自做主，好在事情已经了结，看着曾经的爱徒，高主任回想和他们这一路走来的心路历程，从城市到艰苦的大三线，三人都从当年的单纯学生成长成如今的样子，虽然经过曲折坎坷，但最终两人还是选择了坦荡做人，这一点让自己很是欣慰，随后，张利军将上级同意高主任提出的，长二方案说出，并希望他能养好身体继续为国家出力，得知上级欲成立航天航空总公司，只为把航天和军工分开，张利军表示他愿意留下来。
数月后，张利军和马朝阳因谁走谁留产生分歧，却见高主任一行前来，生气张利军不给自己划拨技术工人，马朝阳向陆若文告状，为了研究院着想，陆若文抢过张利军手里的花名册，并让马朝阳任由调度。数年后的成都，身为研究院的马朝阳和陆若文聊天，考虑到研究项目过多导致经费紧张，马朝阳劝她去找张利军借钱，只因他现在已经富得流油，听到他谎称这是高主任的主意，陆若文决定找高主任询问真假。
门外，大梁来找马朝阳反被拒绝。办公室，乔美娟来找张兰闲聊，却听到她恳求自己将她调到销售公司，听从张利军的命令，乔美娟只好表示对此无能为力。
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